鞍山市疾病预防控制中心成立于2002年11月20日，是由原鞍山市卫生防疫站、鞍山市结核防治所、鞍山市职业病防治院三家单位具有疾病预防与控制、卫生监测与检验等技术服务职能的部分合并组建而成的公益性事业单位。由于疾病预防控制工作在保护人民健康、推进经济发展、维护社会稳定、促进社会和谐中日益发挥着重要作用。2004年4月，鞍山市委决定市疾病预防控制中心机构规格由正县级调整为副局级。2009年6月鞍钢与市直预防保健卫生单位机构整合，市疾控中心从事结核防治工作任务的68人成建制划出，鞍钢卫生防疫站从事预防、检验、保健及相关管理、工勤等41人并入，经市编委核定，现市疾控中心人员编制为188人。
2021年3月，被评为“2019-2020年度辽宁省三八红旗集体”。
鞍山市疾病预防控制中心现有在职员工177人，其中专业技术人员146人，占职工总数87.4%；大专以上学历131人，占职工总数78%（其中本科学历90人，占职工总数54%；硕士研究生学历8人，占职工总数4.8%）；中级以上专业技术人员79人，占职工总数47%（其中高级专业技术人员36人，占职工总数29%）。中心设有职能科（处）室21个，其中综合管理科（处）室8个（分别是:党委工作部、办公室、人事科教处、财务处、后勤保卫处、计划供应处、质量控制科、信息管理科），专业科室13个（分别是:传染病防制科、免疫规划科、地方病防制科、性病艾滋病防制科、虫媒消毒科、慢性病防制科、食品与学校卫生科、环境卫生科、职业卫生科、放射卫生科、微生物检验科、理化检验科、预防性体检接种门诊）。